De show begint met een terugblik op de cliffhanger van het vorige seizoen rondom de oorsprong van Cartman's ouders. Alleen, wanneer het 2e deel van Cartman's Mom Is A Dirty Slut op het punt van beginnen staat, doen ze een 180 graden draai en maken ze bekend dat omdat het 1 april is, ze Terrance & Phillip in Not Without My Anus laten zien.
Dr. Mephisto staat op het punt om bekend te maken wie Eric Cartman's vader echt is! Glas verbrijzelt en pistoolschoten klinken. Een mysterieuze aanvaller heeft blijkbaar Mephisto beschoten toen de lichten uit waren. Met Eric's verdrietigheid brengen ze Mephisto naar het ziekenhuis. Chef stormt de deur uit met Mephisto aan z'n hand. Ze moeten vechten tegen de tijd om Eric's achtergrond te leren, wie is zijn vader? Waar komt hij vandaan?
Ike krijgt een besnijdenis en iedereen is uitgenodigd! Stan, Kenny en Cartman ontdekken wat een besnijdenis echt is en proberen Kyle te waarschuwen dat zijn ouders Ike's plassertje eraf willen knippen. Kyle zendt Ike weg om hem te beschermen tegen zijn ouders.
De Booktastic bus is in de stad en gauw ontdekt iedereen dat Officer Barbrady niet kan lezen. Hij gaat terug naar school met de jongens zodat ze zijn baan kunnen redden. Terwijl hij daar is, heeft iemand in South Park seks met de kippen van het dorp en alleen Officer Barbrady met zijn nieuwe hulpjes Kenny, Kyle, Stan en Cartman kunnen hem stoppen!
Kyle is gewond en moet naar de schoolzuster en is bang van de verhalen die hij gehoord heeft. Ze ziet er normaal uit, behalve dan de dode foetus die uit haar hoofd steekt. Kyle's moeder geeft de jongens uitleg over haar "conditie" en besluit dat iedereen in South Park er op de hoogte over gebracht moet worden. Ondertussen gaan het South Park Cows trefbalteam naar de staat, nationale en uiteindelijk naar de internationale finale in China.
Mr. Garrison geeft aan de kinderen op om iets over Vietnam te leren van iemand die ze kennen. Stan's oom Jimbo en zijn vriend Ned vertellen de jongens hun buitensporig verhaal. Mr. Garrison gelooft niks van het verslag en geeft ze detentie. Ze plannen vraak tegen Stan's oom door een valse video naar ze toe te zenden met de Mexicaanse Starende Kikker van Zuid-Sri Lanka.
Wanneer de schoolbus aan het bengelen is op de rand van een berg, herinneren de jongens sommige van hun avonturen uit het verleden. Mrs. Crabtree pakt een rit naar het dorp en raakt terecht als standup comédienne. Terug in South Park overtuigd Mr. Mackey de ouders ervan dat hun missende kinderen weggelopen moeten zijn. Op het eind is het allemaal een droom binnen een droom.
School is uit voor de zomer en met Mr. Hat die is vermist is Mr. Garrison wanhopig. De staat heeft de verkoop van vuurwerk verboden en het verpest de plannen van de kinderen voor het vieren van 4 juli. Mr. Garrison zoekt psychiatrische hulp bij Dr. Katz terwijl Jimbo en Ned naar Mexico gaan om een poging te wagen om vuurwerk terug te smokkelen naar de kinderen van Amerika.
Een filmfestival verhuist naar South Park, alleen al om een vernietigend effect te hebben op het riool. Mr. Hankey roept de hulp in van Kyle. De film die mensen interpreteren Kyle's eisen als een toppunt en ze maken van zijn verhaal een film met Tom Hanks in de hoofdrol en een aap die ze "Mr. Hankey" noemen. Kyle is woedend dat de filmmakers zijn eisen niet horen. Gauw geven Chef's Salty Chocolate Balls iedereen energie.
Cartman's moeder is van plan om de jongens de waterpokken te geven door ze naar Kenny te sturen om te logeren. Stan en Cartman krijgen het beide maar Kyle blijft immuun. Kyle ontdekt "de ouderlijke samenzwering" en met de andere jongens huren ze een prostituee in om hun ouders herpes te geven. Ondertussen herenigen Kenny's moeder en Kyle's moeder hun echtgenoten die beide kindervrienden waren die afdreven.
De kinderen gaan op excursie naar het planetarium. Alle kinderen behalve Cartman gedragen zich vreemd. Zoals gebruikelijk gaan Stan en Kyle, met Kenny's offer, proberen het mysterie tot op de bodem uit te zoeken. Ondertussen wint Cartman een verschijning bij een snack reclame. De vier kinderen komen op de bodem van het vreemde planetarium.
Stan moet een clubhuis bouwen zodat hij en Kyle durf of de waarheid kunnen spelen met Wendy en haar vriend, die een oogje op Kyle heeft. Cartman en Kenny nemen wraak door een eigen clubhuis te bouwen; alleen die van hun heeft hetere meiden. Ondertussen mislukt het huwelijk van de Marshes en leert Stan een belangrijke les over liefde en familie.
Het jaarlijkse "Cow Days" feest is aan de gang! De koeien aanbieden de mascotte als god. Om geld bij elkaar te krijgen om Terrance and Phillip poppen te winnen, schrijven de jongens Cartman in voor een rodeowedstrijd. Door een raar ongeluk gelooft Cartman dat hij een Vietnameese prostituee is genaamd Ming Li. De jongens leren over geld en koegekte.
Chef wordt aangeklaagd door Capitalist Records voor het proberen van het verkrijgen van de rechten van een liedje dat hij twintig jaar geleden heeft geschreven. In een reactie erop verzamelen de jongens alle oude muzikale vrienden van Chef en organiseren een groot concert om het geld bij elkaar te krijgen.
Sharon Marsh's tante Fio maakt haar maandelijkse bezoek en ze heeft een cadeau voor Stan, een vis. Stan's vis maakt hem erg bang, vooral wanneer de dode lichamen naar boven komen. Mrs. Marsh is er zeker van dat Stan al de moorden pleegt en begint met het verbergen van de lichamen. De jongens ontdekken dat er twee Cartman's zijn en een poort is naar een parallelle universum bij de "Indian Burial Ground Pet Store".
Kyle, Stan en Kenny vergezellen Eric en zijn familie bij de kerstviering. Een van Cartman's bekenden ontsnapt uit de gevangenis voor de reünie samen met z'n celmaat Charles Manson.
Harbucks koffie is van plan om naar South Park te komen en Tweek's koffieshop failliet te maken. Mr. Garrison geeft een opdracht een verslag te schrijven over de huidige gebeurtenissen om te helpen zijn huidige baan te behouden. De jongens zijn van plan om hun verslag te houden over de onderbroekdwergen. Tweek's vader plot om het verslag van de jongens te gebruiken als een platform voor het vechten tegen Harbucks. Het verslag dat de jongens afleveren geeft aan dat het dorp actie moet ondernemen.
Kyle valt in een grot. Stan gaat hem redden en vindt een ijsman en de twee vechten daarna voor credit. Dr. Mephisto ontdekt dat de ijsman sinds 1996 bevroren is. De ijsman wordt tentoongesteld waarna de vechtende Kyle en Stan hem bevrijden. De ijsman probeert om terug bij zijn familie te komen, maar komt erachter dat hij een man die geen tijd heeft. Ondertussen heeft de overheid zijn eigen plannen om te ijsman te gebruiken in hun plot tegen Zweden.